RSUD Prof. Dr. Margono Soekarjo Puwokerto RS Klas B Pendidikan milik Provinsi Jawa Tengah sesuai misi ke 2 yaitu menyelenggarakan pendidikan, penelitian dan pengabdian masyarakat di bidang kesehatan, maka dala penyelenggaraannya sebagai Rumah Sakit Pendidikan wajib memiliki perjanjian kerjasama dengan Institusi pendidikan. Hal ini sesuai dengan pasal 21-23 dalam Pemerintah No 93 Tahun 2015 tentang Rumah Sakit Pendidikan.

RSUD Prof. Dr. Margono Soekarjo dalam menyelenggarakan pendidikan mengutamakan kualitas pendidikan dalam rangka peningkatan mutu layanan terhadap masyarakat. Komitmen ini ditunjukan dengan kebijakan RS bahwa RSMS menjalin kerjasama hanya dengan institusi pendidikan yang memiliki akreditasi minimal B. Hal ini pula yang mendukung RSMS saat ini memiliki predikat terakreditasi Internasional oleh KARS (Komite Akreditasi Rumah Sakit).

Saat ini dengan kondisi adanya covid-19 maka penyelenggaraan pendidikan di RS pun harus mengalami PERUBAHAN, hal ini memang perlu di atur kembali dalam perjanjian kerjasama antara RSMS dengan institusi pendidikan dari aspek metode, aspek jumlah peserta didik dan aspek biaya. Aspek metode dilakukan kombinasi daring dan praktek dengan modul yang disesuaikan dengan target kompetensi. Dari aspek Jumlah maksimal 50% dari kuota kondisi normal. Dari aspek biaya perlu penyesuaian untuk penyediaan Alat Habis Pake dan Bahan Habis Pakai yang sesuai standar layanan RS (Masker, Sarung Tangan/Handscoon dan Hand Sanitizer). Penyesuaian Tarif ini tertuang dalam Peraturan Gubernur Jawa Tengah No 58 Tahun 2020. Hal ini menujukkan tata kelola pendidikan RSMS mendasari pada ketentuan yang legal dan dapat dipertanggungjawabkan (Akuntabel).

Saat ini terdapat 32 Institusi Pendidikan yang melakukan penandatanganan Perjanjian Kerjasama dan Adendum Perjanjian kerjasama dengan Fakultas Kedokteran,Fakultas Kesehatan, Fakultas Keperawatan, Kebidanan dan Gizi, Teknik Komputer, Fisioterapi,teknik Radiografi,Sanitasi, Rekam Medik, Kesehatan Masyarakat ,Farmasi  antara lain dengan Universitas Jenderal Soedirman, Universitas Gajah Mada, Universitas Diponegoro, Institut Pertanian Bogor, Poltekes Semarang, Poltekes Surakarta, Poltekes Yogyakarta, UPN Veteran Jakarta, Universitas Muhammadiyah Yogyakarta, Universitas Muhammdiyah Semarang, Universitas Muhammadiyah Surakarta, Universitas Riau, USB, STIFAR Semarang, dll.

Selain penandatanganan perjanjian kerjasama, RSMS juga menyampaikan akan dilakukan penyesuaian tarif layanan RS mulai 1 Maret 2021. Penyesuaian tarif layanan dimaksud meliputi untuk mengakomodir layanan2 baru seperti telemedicine, pelatihan daring dan pendidikan. Tarif layanan mengalami perubahan khususnya untuk layanan klas VIP,Klas I dan Klas 2 sesuai peraturan Gubernur no 58 tahun 2020 atas perubahan peraturan gubernur no 21 tahun 2017 tentang tarif RSUD/RSJD Provinsi Jawa Tengah, namun kenaikan tarif tidak berlaku untuk Klas 3 karena Tarif Klas 3 masih mendasarkan pada Peraturan Daerah No 1 Tahun 2009. Penyesuaian tarif layanan juga tidak menyentuh pasien penjamin BPJS sesuai Klas. Penyesuaian tarif diiringi dengan peningkatan kualitas layanan RS seperti hantaran obat gratis didalam dan diluar banyumas, fasilitas ruangan yang lebih nyaman. Penyesuaian tarif pasien umum kurang lebih rata-rata 15-25% misalnya pemeriksaan rawat jalan reguler yang awalnya 80 ribu menjadi 100 ribu.