Untuk menunjang salah satu program Guberur Jawa Tengah H. Ganjar Pranowo, S.H, M.IP yaitu Jateng Bebas Korupsi, dan RSUD Prof. Dr. Margono Soekarjo Purwokerto mendukung program tersebut dengan diawali sosialisasi tetang wilayah bebas korupsi  pada hari Senin tanggal 11 April 2016 bertempat di Aula Direktur RSUD Prof. Dr. Margono Soekarjo Purwokerto. Sosialisasi disampaikan oleh Wakil Direktur Umum dan Keuangan RSUD Prof. Dr. Margono Soekarjo Purwokerto Yunita Dyah Suminar, SKM., MSc., M.Si.

Untuk mendukung wilayah bebas korupsi RSUD Prof. Dr. Margono Soekarjo Purwokerto menerapkan zona integritas sebagai upaya nyata dalam pencegahan dan pemberantasan korupsi dengan peningkatan kualitas sistem kelembagaan dan sumber daya manusia dalam rangka penguatan komitmen antikorupsi. Penerapan zona integritas selain untuk mendukung dan mewujudkan hal tersebut adalah untuk meningkatkan kualitas pelayanan publik.