RSUD Prof. Dr. Margono Soekarjo Purwokerto sebagai RS Rujukan Regional melayani masyarakat Jawa Tengah Barat Selatan meliputi wilayah Kabupaten Banyumas, Cilacap, Purbalingga, Banjarnegara, Pemalang, Kabupaten Kebumen, Kabupaten Pemalang, Kabupaten Tegal, Kabupaten Brebes dan perbatasan Ciamis, BanjarPatoman. Fakta ini menunjukkan  RS Margono sebagai rujukan regional menjadi mata rantai pelayanan pelayanan kesehatan yang memiliki peran penting dalam meningkatkan derajat kesehatan.

Dari hal tersebut pelayanan Rawat Jalan rata-rata per hari 750-900 menyebabkan antrian yang cukup padat walaupun saat ini antrian dibuka pukul 06.00 namun masyarakat khususnya rujukan dari kabupaten yang jaraknya lebih dari 30 Km harus datang jam 5 pagi untuk mengambil nomor antrian. Hal ini membuat RS perlu membuat terobosan agar system registrasi (pendaftaran) menjadi lebih mudah, cepat dan efisien. Maka RSMS mengembangkan System Regisitrasi Online dengan tujuan sebagai berikut:

1. Meningkatkan akses pelayanan RS (jangkauan dan cakupan)
2. Menurunkan/memangkas waktu antrian
3. Meningkatkan kepastian pelayanan

Registrasi Online dapat di akses melalui alamat di website sebagai berikut: http://rsmargono.jatengprov.go.id/registrasi-online, Telah dibuka aksesnya mulai tgl 21 Desember 2016 untuk pendaftaran mulai tgl 27 Desember 2016 untuk seluruh penjamin (BPJS PBI dan Non PBI, Jamkesda, BUMN dan Umum) di RSMS (Jl. Dr. Gumbreg No 1 Purwokerto).

Hal-hal yang perlu dipahami oleh masyarakat adalah registrasi dapat dilakukan satu minggu sebelumnya dengan harapan bahwa bagi pasien yang rutin (60-70% pasien dengan kasus non bedah dan kronis) yang melakukan pemeriksaan di RSMS dapat melakukan pendaftaran seminggu sebelumnya. Pasien yang melakukan registrasi on line akan mendapatkan nomer antrian dan waktu yang ditetapkan untuk datang melakukan verifikasi syarat (bila pasien asuransi) atau membayar (bila pasien umum) sesuai dengan penjamin pasien tersebut serta kode booking (dapat berupa barcode) yang dikirim melalui sms atau email. Waktu antrian dibatasi paling 15 menit sesuai waktu yang ditetapkan. Hal ini dimaksud akan pasien tertib dan disiplin dalam melakukan verifikasi syarat pelayanan. Apabila pasien hadir terlambat lebih 15 menit maka secara otomatis tidak dapat dilayani melalui antrian registrasi online, namun dapat mengambil antrian secara manual yang disediakan di RS.

Harapan RSMS dengan adanya Registrasi Online yang dapat diakses melalui web maka masyarakat lebih mudah, cepat dan efisien dalam mendapatkan akses pelayanan RS semoga dapat dimanfaatkan seluas-luasnya oleh masyarakat dengan prinsip pelayanan publik yang berkeadilan maka kami dapat mewujudkan misi ke 5 RSMS mengembangkan system manajemen yang handal, tranparan, akuntabel  efektif dan efisien.