Rumah Sakit Daerah Prof Dr Margono Soekarjo Purwokerto RSUD kelas A Pendidikan yang merupakan milik Pemerintah Provinsi Jawa Tengah yang berada di kota Purwokerto dengan jangkauan pelayanan untuk masyarakat di wilayah Jawa Tengah bagian barat-selatan. Mengacu Peraturan Gubernur Nomor 059/76 Tahun 2008 maka mulai 1 Januari 2009 menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah (PPK – BLUD). Badan Layanan Umum Daerah adalah Satuan Kerja Perangkat Daerah di lingkungan pemerintah daerah yang dibentuk untuk memberikan pelayanan kepada masyarakat berupa penyediaan barang dan/ atau jasa yang dijual tanpa mengutamakan mencari keuntungan, dan dalam melakukan kegiatannya didasarkan pada prinsip efisiensi dan produktivitasTujuan utamanya adalah meningkatkan kualitas pelayanan kesehatan kepada masyarakat untuk mewujudkan penyelenggaraan tugas-tugas Pemerintah Daerah Provinsi Jawa Tengah dalam mewujudkan kesejahteraan umum melalui peningkatan derajat kesehatan masyarakat.

Mengacu pada sejarahnya RSUD Prof. Dr. Margono Soekarjo pada awalnya merupakan Rumah Sakit Umum tipe C milik Pemerintah Daerah Tingkat I Jawa Tengah. RSU Purwokerto merupakan peninggalan Pemerintah Belanda yang didirikan pada tahun 1917 dan dikenal sebagai RS Zending yang digunakan sebagai tempat pelayanan kesehatan bagi orang Belanda dan Misionaris yang berada di Purwokerto. Pasca kemerdekaan RS Zending akhirnya menjadi miliki pemerintah Indonesia dan tetap digunakan sebagai tempat pelayanan kesehatan bagi masyarakat Banyumas yang kemudian disebut RSU Purwokerto.

Pada tahun 1987, karena perkembangan pelayanan kesehatan yang meningkat dan tuntutan pelayanan kesehatan masyarakat maka RSU Purwokerto meningkat menjadi Klas B non Pendidikan melalui SK Menkes RI nomor 41/Menkes/SK/1/1987 tanggal 21 Januari 1987 dan SK Gubernur Kepala Daerah Tingkat Propinsi Jawa Tengah nomor 061.1/091/1988 tanggal 05 Mei 1988. Kemudian pada tahun 1990 atas prakarsa Gubernur Jawa Tengah RSU Purwokerto dikembangkan dan direlokasi menjadi RS yang lebih representatif dan diberi nama RSUD Prof. Dr. Margono Soekarjo di Jl. Gumbreg Purwokerto melalui SK Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Propinsi Jawa Tengah nomor 445/32/1990 tanggal 18 April 1990. Pemberian nama tersebut merupakan penghargaan terhadap seorang Dokter Ahli Bedah Pertama di Indonesia yang kebetulan berasal dari Purwokerto. Kemudian pada perkembangan selanjutnya yaitu tahun 2000 RSUD Prof. Dr. Margono Soekarjo ditetapkan menjadi RS Klas B Pendidikan oleh Menteri Kesehatan & Kesejahteraan Sosial Republik Indonesia melalui SK nomor 239/Menkes-Kesos/SK/III/2001. Mengikuti penetapan Klas B Pendidikan maka diterbitkan Peraturan Daerah nomor 06 tahun 2006 dan Peraturan Gubernur nomor 34 tahun 2006 tentang penjabaran tugas pokok dan fungsi serta tata kerja RSUD Prof.Dr. Margono Soekarjo.

Pada Tahun 2007 Pemerintah Pusat telah menerbitkan PP 41 Tahun 2007 tentang Organisasi Perangkat Daerah sebagai pedoman penetapan SOTK Perangkat Daerah maka telah ditetapkan pula Peraturan Daerah No 8 Tahun 2008 tentang SOTK RSUD & RSJ Provinsi Jawa Tengah dengan susunan Direktur dibantu oleh tiga Wakil Direktur dan 9 Kepala Bagian/Bidang serta 21 subbagian/seksi. Peraturan Daerah tersebut telah di jabarkan pula dalam Peraturan Gubernur tahun 94 tahun 2008. RSUD Prpf.Dr.Margono Soekarjo (RSMS) sebagai BLUD beroperasi sebagai perangkat kerja pemerintah daerah untuk tujuan pemberian layanan umum secara efektif & efisien sejalan dengan praktek bisnis yang sehat, yang pengelolaanya dilakukan berdasarkan kewenangan yang didelegasikan oleh kepala daerah. BLUD merupakan bagian dari perangkat pemerintah daerah dengan status hukum tidak terpisah dari pemerintah daerah. Dalam pencapaian tujuan tersebut maka RSMS meliliki Visi Prima Dalam Pelayanan Sub Spesialistik dan Pendidikan Profesi dengan Misi sebagai berikut yaitu: menyelenggarakan pelayanan kesehatan rujukan sub spesialistik, menyelenggarakan pendidikan, penelitian dan pengabdian masyarakat di bidang kesehatan, mengembangkan kualitas sumber daya manusia melalui peningkatan profesionalisme dan kesejahteraan, mengembangkan sarana dan prasarana yang unggul, tepat dan aman, mengembangkan sistem manajemen yang handal, transparan, akuntabel, efektif dan efisien.