Mutu pelayanan rumah sakit adalah bagian yang tidak terpisahkan dari mutu pelayanan kesehatan secara umum. Keberhasilan pelayanan rumah sakit selalu di ukur dari mutu layanan yang telah dicapai. Dalam upaya untuk menjaga dan meningkatkan mutu rumah sakit harus dilakukan secara berkala dan berkelanjutan dengan menggunakan instrumen atau standar yang jelas dan sudah mendapatkan pengakuan dari lembaga yang terakreditasi secara nasional maupun internasional. Satu satunya lembaga akreditasi  Rumah Sakit yang ada dan sudah ditetapkan oleh pemerintah adalah Komisi Akreditasi Rumah Sakit (KARS).

RSUD Prof Dr. Margono Soekarjo Purwokerto adalah Rumah Sakit Type B Pendidikan milik Pemerintah Provinsi Jawa Tengah sebagai pusat rujukan di wilayah Jawa Tengah Bagian barat selatan yang sudah terakerditasi dengan tingkat kelulusan PARIPURNA. Dalam upaya untuk mempertahankan mutu pelayanannya, pada tanggal 22 dan 23 Januari 2018 telah dilakukan Survei verifikasi Akreditasi Tahun ke 2 oleh Komisi Akreditasi Rumah Sakit (KARS).

Dari hasil survei yang dilakukan, RSUD Prof Dr. Margono Soekarjo Purwokerto telah berhasil menyelesaikan Perencanaan Perbaikan Strategis (PPS) yang direkomendasikan oleh KARS sebagai upaya untuk memenuhi asesmen yang harus dipenuhi untuk mempertahankan mutu sebagaimana yang ditetapkan oleh Tim dari Komisi Akreditasi Rumah Sakit (KARS). Tim surveior juga memberikan rekomendasi agar meningkatkan dan mengembangkan sistem manajemen informasi Rumah Sakit (SIMRS) yang sudah ada untuk mendukung peningkatan kualitas pelayanan dan akuntabilitas data dan kegiatan yang terkait dengan pelayanan. Kegiatan survei ini juga sekaligus untuk menilai kesiapan Rumah Sakit dalam rangka menghadapi Reakreditasi pada tahun 2019.